まずは1.0.4にバージョンアップした時の話を。

Zend Frameworkの1.0.3から1.0.4はマイナーバージョンアップですし、
入れ替え時にアプリ側の修正が必要とは記載されていませんが、
私が更新した時に一点修正が必要だったので記しておきます。

それは、Zend_Filter_Inputの定数 Zend_Filter_Input::NAMESPACE が、Zend_Filter_Input::INPUT_NAMESPACE に変更になったことです。

どうもPHP5.3から namespace が予約語になるために修正が行われたようです。
[#ZF-2280] "namespace" is a reserved keyword in PHP 5.3 - Zend Framework Issue Tracker

アプリ側の修正方法としては、単純に Zend_Filter_Input::NAMESPACE を Zend_Filter_Input::INPUT_NAMESPACE に置換すればOKです。
定数を使わず、文字列 'namespace' を使っている部分もあるかもしれませんので、
ソースツリーを namespace で検索すると良いでしょう。

1.5にする時にも同じ修正は必要です。

私が修正を必要としたのはこの一点のみでした。
Zend_Filter_Inputを使っていなければこの修正は必要ありませんし、
ほかのライブラリーを使っていればもしかしたら他にも要修正点がある可能性もありますが、ご参考まで。

これじゃ不具合が起きないとすぐ気づかないのでZFのIssue Trackerには書いておきましたが英語に力込めてないので無視されるかも。