alert/confirm/promptの代わりにしようと、Widget.Dialog (旧PPrompt) を使ってみました。
confirm/promptではユーザーの返答を取得するのにコールバック関数を使っているため、
組み込み関数とは少々勝手が違いますので、簡単に使い方を紹介しておきます。

以下、個人的に主に使っているJavaScriptライブラリーdojo toolkitと組み合わせて使う場合で説明しますが、
他のライブラリーを使っている場合も基本的に同じです。

さっそくですが、confirmを<form id="theForm"> のsubmitイベントに設定する場合、次のようになります。

dojo.connect(dojo.byId('theForm'), 'onsubmit', function(event){
	try {
		Widget.Dialog.confirm('submitします。よろしいですか？', {
			onOk : function(){
				Widget.Dialog.close();
				event.target.submit();
			}
			, onCancel: function(){
				Widget.Dialog.close();
			}
		});
		dojo.stopEvent(event);
	} catch(e) {
		dojo.stopEvent(event);
		console.error(e);
	}
});

ポイントとしては、標準のconfirm関数と違って処理が停止せず、ユーザーが応答する前に次の行に進んでしまうことです。
そのため、いったんイベントを停止させる処理を行っておきます。
一方で、ユーザーの返答に対するコールバック関数からsubmitを行うというわけです。

続いて、<a id="theLink" href="http://nonn-et-twk.net/twk/">リンク</a> のonclickイベントに設定する場合の例です。
JavaScriptの、closureから外の変数を参照できる仕様を利用しているので、関数の定義位置を変更したりすると、修正が必要になります。

dojo.connect(dojo.byId('theLink'), 'onclick', function(event){
	Widget.Dialog.confirm('リンク先に移動します。よろしいですか？', {
		onOk : function(){
			Widget.Dialog.close();
			location.href = event.target.href;
		}
		, onCancel: function(){
			Widget.Dialog.close();
		}
	});
	dojo.stopEvent(event);
});

formの場合と同様、イベント処理は一旦終了してしまいますが、Okのリンクをクリックした時点で
処理が続行するので、location.hrefを書き換えればOKです。
promptの場合も似たような感じなので色々試してみてください。

なお、このライブラリーはライセンスがGPLなのでご注意ください。